Nació a mediados de 1976 gracias al esfuerzo de un grupo de científicos sociales panameños, convencidos de que la ausencia de un centro de investigación social -oficial y/o privado- se traducía en serios obstáculos para el desarrollo de estudios de la realidad nacional.

El CELA cuenta con un número plural de investigadores asociados, quienes participan, junto a especialistas invitados, en los proyectos que realiza la institución.  Tiene un Comité directivo,  encargado de coordinar  las  áreas de estudio  (economía, historia, movimientos sociales, población, género, ambiente y Estado).

Como entidad autónoma, tiene vínculos de trabajo y colaboración con instituciones afines en Panamá, así como en el exterior, especialmente América Latina. El CELA mantiene relación y colaboración con la Universidad de Panamá. También mantiene una relación con la Secretaría Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación (SENACYT) y con la Fundación Friedrich Ebert Stiftung (FES) en Panamá.

El CELA está vinculado formalmente al Consejo Latinoamericano de Ciencias Sociales (CLACSO), que reúne a centros de investigación de la región y tiene su secretaría ejecutiva en Buenos Aires, Argentina. Tiene relaciones con la Comisión Económica para América Latina (CEPAL), la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales (FLACSO), el Centro de Estudios Latinoamericanos (CELA) de la Universidad Autónoma de México (UNAM) y el Centro de Estudios de Desarrollo (CENDES) de la Universidad Central de Venezuela.